底砂看似简单，实际它对水族箱的影响可谓巨大。它一方面提供水草养分，另一方面它与过滤系统共同构成可水族箱生态的化学工厂。由于水中有溶解的氧气，氧气会使一些水草的养分被氧化，而影响水草对养分的吸收。
而在砂底由于硝化细菌的存在而产生厌氧菌，形成还原氛围，还原被氧化了的养分（主要是铁等微量元素），从而有利于水草吸收养分，顺利成长。
由此也可看出，底部过滤虽然能将水中的养分带向砂底，但因流速过快而影响了厌氧区的形成，故对水草的生长会产生不利的影响。所以，笔者建议水草缸中不宜选用底部过滤。另外，为了使底砂和水能有对流，并使底砂保温，选择底部加热线加热则最为合理。
由于过滤系统的表面积有限，而水草吸收养分也需要厌氧区，所以，底砂的选择除了要考虑养分的问题之外，最好还要适合硝化细菌的着床繁衍。笔者认为，如将富含细孔的生化石碾碎成砂粒，混入底砂中使用，将大大增加水族箱的生态稳定能力，降低换水要求，减少藻类生长机会。
为使水草的营养充沛，一般在底砂中添加富含铁质的红土。这种红土对一般农作物的生长作用不大，但对水生植物却非常有利。 另外，底砂在使用前，最好做一下测试，以确保其不含石灰质。否则随着水中的碳酸盐硬度的增加，PH值会升高，对水族箱而言这将会是一大灾难。而检测的方法是如滴入盐配不冒气泡则证明砂不含石灰石。