在饲养水族的过程中，鱼类等水族生物的排泄物、残存的饵料以及死亡的生物等等不断地累积很快地就达到有毒的状态，特别是在水族箱这种空间狭小而密闭的生态环境，而自来水中也会含有一些对水族生物造成一定危害的有毒或有害的成份。所以，在饲养水族的过程中，这些有害因素以及相关会对水族生物生存构成危害的有毒物质是必须去除的。要净化滤清水质必须依靠某些过滤材料才可以达到。如何正确地应用有效、合适或者特殊功用的过滤材料是水族箱过滤系统的生命原动力。过滤材料根据材质不同，启到的效果也是不同的。大致上我们可将过滤材料分为机械性、生化性、吸附性以及化学性过滤材料四类。
1.机械性过滤材料机械性过滤材料，如：羊毛绒、陶瓷环、绿胶脂（过滤纤维）以及各种过滤泡棉，就好象一个筛子或者滤纸，启到的作用是，可以截住体积粗大的排泄物以及残余饵料等等。
2.生化性过滤材料在水族箱中因为鱼类等水族生物的存在就会自然地产生或累积有毒的氮化物。而在大自然中，因为有足够的水消散或者稀释这些有毒废物，甚至有的可以借助由微生物或其他生命体转化为有用的能量。但是在水族箱中，除非有一个强而有力的生化式过滤系统来分解这些有毒物质，否则最终积累过多的废物将导致所饲水族生物中毒死亡。这种过滤方式就是利用微生物如硝化菌群来净化水质的。这些细菌一般都会附著居住在水族箱内较硬的表面，并以有毒废物为生长食物，可以将毒性极大的阿摩尼亚以及亚硝酸盐转化为毒性较低的硝酸盐，再凭借定期的抽换水即可将硝酸盐去除，使水质完全净化无毒素。所以，生化式过滤系统启到的作用是所有过滤作用里最为重要也是最为推荐使用的。经过长期的使用，机械性以及化学性的过滤材料也会兼具生化性过滤材料的过滤功效，硝化菌群会栖息于这些过滤材料的表面，不过繁衍生长的数量却相当有限。所以，为了提供足够大而且多的表面空间供硝化菌群居住繁衍，应该使用生物过滤球、除氨石以及硝化石之类的过滤材料。需要注意的是：一个完整的生化过滤系统的硝化菌群完全成熟而发挥作用，需要至少21天或者更久。为了确保过滤系统在清洗后仍旧能够正常运作，如果在抽换水后清洗过滤材质，最好使用抽换出来的旧水来冲洗，同时，建议每次生化性过滤材料更换不要超过1/3-2/3。
3.吸附性过滤材料吸附式过滤是以活性炭之类的物质来吸收一些溶解于水中且具有一定毒性或对水族生物有危害性的化学物质，例如：自来水中的氨、使用清洁剂以后残留的碱性物质、药浴治疗后残存的物质以及其他水溶性重金属物质。尤其在新设置的水族箱的最初2周、生化过滤系统尚未成熟建立的阶段、大量换水之后以及水质浑浊带有色质时，使用效果尤为显著。
4.化学性过滤材料化学性过滤材料并不具有过滤水质的任何功能，主要是用来控制或转化水质的化学性或化学结构，例如：草酸泥（泥炭苔、草泥丸）、阳离子交换树脂等等，可以启到软化水质、增酸以及将水色调理得与热带黑水区域相同，由于使用的过滤材料经过严格的品质筛选，使用绝对安全，且不会对水质造成任何负面影响。而阴离子交换树脂等等的过滤材料则可将水质中有害的磷酸盐含量降至最低点。