因为危害水族箱的藻类种类有很多，而这些藻类的生长特性以及造成的危害状态也是不尽相同的，因而在大量发生藻类蔓延的水族箱中准备完全消除藻类实在不是一件容易的事。
一般使用去除藻类的方法，大致可分为生物去除法、人工去除法以及药剂去除法这三种。如果单独使用其中的一种方式，可能很难达到圆满的去除的预定效果。但是，如果将各种方法配合使用，并同时进行处理时，就较为容易达到预期的去除效果。
药剂去除法主要是使用水族市场出售的各种除藻剂来进行直接杀灭藻类的作用，效果最为显著，但也最具有危险性，所以要慎重使用。除藻剂的效果根据各个品牌的配方不同，因而产生的作用也有所不同。如果依照其化学成份来区别，可分为无机除藻剂和有机除藻剂两种，无机除藻剂主要的配发为易溶性的铜化合物；有机除藻剂则是使用各种能够导致藻类生理作用功能失常的水溶性有机化学药剂配制而成的，不仅种类较多，而且产生的作用也各自不同。
无机除藻剂中的易溶性的铜化合物能降低藻类光合作用酵素的活性，抑制化酶（invertase）的活性，这是因为转化酶其中的一个作用位置与铜离子发生结合；此外，还启到抑制藻类的呼吸作用。所以，藻类在使用这类药剂产生的作用之下，其生长将会完全停止，并且无法正常地使用光合产物以及叶绿素逐渐分解、白化，致使藻体死亡。
然而，除藻剂的作用依照其各自类型的浓度以及藻类的种类不同而在使用中的发挥效果也不同，而且通常情况下，除藻剂在稀释的状态下可以伤害藻类，而在使用剂量较大致使浓度偏高的情况下，对鱼类、水草等水族生物也会产生一定程度的伤害，因此，只有根据说明，并且严格按照说明上所指示的使用剂量来添加、使用，才可以用来杀灭各种藻类而不伤害到鱼类、水草等其他水族生物以及不致于产生其他的不良后遗症。