在水草的体内，有一些必要的营养元素的含量只有十万分之一到一亿分之一，这些元素被称为“微量元素”。它们在水草体内，看起来数量微不足道，但却担负十分重要的作用。若没有这些“微不足道”的元素，水草就不能进行正常的生命过程。
已知水草所需要的微量元素至少有铁、锰、铜、钼、氯以及硼等等，除此之外，可能有一些微量元素尚未被人所发现。目前，人们对每种微量元素的作用尚不完全明白，但已知水草如若缺乏其中的一种，水草的生长就可能停止，常常出现叶斑，对病菌的抗力差，以致枯萎、死亡。所以，我们在种植水草的时侯应该考虑添加微量元素。 微量元素在水草生长中最重要得功能就是作为酵素的辅成因，或在酵素中形成为金属致活剂。也就是说，微量元素可以合成水草体内的酵素，或是使酵素的功能得以发挥。水草的生命过程中，若没有酵素的作用，它所有的生理反应是无法进行的的，这其中包括它的光合作用。由此可见，微量元素对水草是十分重要的。 但是，微量元素不能添加太多，它们的添加量只要满足水草正常生长的需要就可以了，过多添加微量元素，反而会严重影响水草的生长，甚至中毒死亡，一般表现的症状，按元素种类、水草种类、水草生长发育的时期而有所不同，但一般都是水草叶面先受到伤害，然后再蔓延到根部。其综合症状包括水草株体生长受到抑制，叶面对养分吸收受到阻碍，进而发生黄化、坏死、植株矮化，严重时造成水草根部腐烂、植株死亡。
添加微量元素作为补充肥料使用时侯，应该注意一下两点：
1.添加仅仅是补充主要营养剂中微量元素因沉淀反应遗失的部份，所以不宜天天添加，最好每隔一星期添加一次即可，而且每次用量不可贪多。
2.添加仅仅是调节性的使用，其目的在于提供水草有均衡的养份，而不是在提供水草的需要量，因此要注意它的调节性功能。例如：有一种添加方式是，主要营养剂每天添加一次，以及每隔7天换水1次，并配合换水时再添加1次微量元素。另一种方式是，每隔7天换水和施肥各1次，并配合换水时微量元素一起添加。这两种不同的添加方式，以第一种添加方式的效果为佳，因为较能反映添加微量元素的调节性功能，而第二种添加方式不仅没有调节性功能可言，可能还会造成微量元素过量的问题。
螯合剂是一种有机物质，它能与某些不稳定的二价金属离子，如铁、锰、锌等等形成稳定的“螯合物”。凡容易在水中被氧化或易为化学反应沉淀的水草肥料，常常需要用螯合剂使它们形成稳定的 螯合物，以利于水草能吸收利用。 最明显的例子就是亚铁离子常需要使用螯合剂的保护，才能免于被氧化或发生沉淀现象，而已知铁离子是水草育成中必不可缺的重要微量元素之一。因此，螯合剂已成为施肥控制中，值得使用的配合物，它的重要性不容忽视。 螯合剂分子中具有至少两种以上的化学结合能力，它犹如螃蟹的那双大螯，可以将金属离子紧紧地夹住。这种类似螯钳夹物的作用所形成的螯合物，比组成和结构相近的非螯合物具有更大的稳定性。例如：EDTA与金属离子的螯合物比氨的错合物稳定的多。 至于黑水、草泥丸等释放出的腐植酸是否可以替代肥料中所使用的螯合剂？这个答案是否定的，因为腐植酸虽然是一种天然的螯合剂，但这并不表示这种螯合剂适合这种应用，最主要的原因是由腐植酸与金属所形成的螯合物抗水解的稳定性较差，在pH4.0以上时，很容易水解而产生分解现象，另一些比较稳定的腐植酸螯合物则不易溶解于水中。所以，黑水、草泥丸等释放出的腐植酸是不能替代肥料中所使用的螯合剂的。