净化水质的细菌，将一些净化水质的细菌引进水族箱，是一件简单而有效的净化水质的方法，对于目前盛行的家庭饲养观赏鱼等生物提供了极其方便的水质管理方式，颇受水族爱好者喜爱。但在使用这类产品时，也必须注意若干问题，以免降低了预期效果。 一般而言，只有在使用环境和使用对象符合细菌的生理、生态特性时，才能发挥其净水作用。否则，很难获得预期效果。为了能让这些有益的细菌细菌充分发挥净水作用，在使用上，通常必须注意下列问题：
1.水中有有机污染源净水细菌是靠水中有机污染而存活的，如果因为水中没有污染源存在，它们就无法长期生存。因此，在新水阶段就加入细菌是否有效，是值得研讨的。
2.勿与消毒杀菌药剂同时使用为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌。
3.要注意调整适合细菌生长的温度在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在最适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是最理想的。例如：光合细菌在23-29℃的范围内均能正常生长繁殖，当水温低于23℃时，它们的生长逐渐停滞，因此低于23℃的水族箱使用这类细菌效果较差。
4.要注意调整适合细菌生长的pH值在净水细菌的使用过程中，必须注意水质酸碱度PH的变化。例如：淡水硝化细菌在pH值等于中性时的效果最佳，在酸性水质中效果最差，因此若能将水族箱中的水质调整至中性或弱碱性，它的净水效果会好一些。而光合细菌在pH值8.2-8.6的水质中最具效果，所以它比较适合用于海水水族箱中的使用。
5.要注意细菌之间的共容性若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。例如：硝化细菌和光合细菌并不适合同时放养在同一水族箱内，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果。
6.要为细菌提供足够的可居住空间如果只让细菌生活于水族箱中可能无法满足其繁衍上的需要，这会严重限止细菌的数量使其无法增加。因此，我们应该配合生化过滤系统为细菌细菌再创造更多的可居住空间供它们繁衍，以期待它们加速降低有害物质以及加强它们分解能力。要成功地建立有效的净水细菌的“生态系统”，必须注意净水细菌的添加方式以及添加的量。净水细菌的量多以及快速生长，可能有助于有机废物的分解，但过多的净水细菌数量竞相消耗有限的细菌营养物质，同样会导致它们的快速死亡。净水细菌在水族箱中有一个生命周期。当它们在被加入水族箱，并不是以一定速率增长繁殖 。通常在最初时菌数保持不变，这是可能因为细菌适应新环境需要一段时间。
此时，细菌的代谢反应正常进行，但细胞的分裂却是静止的。这个生长期称为迟滞期（Lag pnase）。 到迟滞期结束之后，细菌的胞体以一定的速度不断分裂，其生长以及繁殖速度达到最大，并在数小时之内达到最高峰，然后细菌的数目又保持不变不再增加，这归因于环境的变化，特别是因为有些营养被消化完了。
这种情况也是造成细菌死亡的原因之一，于是细菌开始死亡并数量锐减，假如确保还有一些细菌增殖的话，细菌的死亡将比新生细菌更快，一直到细菌减少到原来的数量为止。这个生命周期约几天至十几天，依水质条件来决定。净水细菌的添加时机如果能够配合其生命周期是最好不过了，即当它的数量正处于最少时再添加，不要等它繁衍到最高数量时再添加，这样一来反而会加速细菌的死亡速度。可是要真正地去了解它的生命周期是多久是极为困难的事，至少绝大多数的水族爱好者是无法观测注意到的，所以一般都是以定期添加为好。 在水草造景缸、岩礁生态缸等等水族箱中因为定期添加肥料等营养药剂，有些营养药剂诸如微量元素的种类可能与净水细菌所需的营养成份类似，只是数量组成不同而已，因此也可能提供给净水细菌用作生长、繁衍的养分。
正因为如此，净水细菌在这类水族箱中的生命周期可能比一般只单独饲养鱼类的水族箱中要存活长许多。换而言之，如果单独饲养鱼类的水族箱是一星期定期补充净水细菌一次，在这类水族箱中只要两星期定期补充一次即可。除了定期添加之之外，如果发现水质不良或者在更换、清洗过滤器后，以及进行药物治疗以后，都可以不定期补充，以确保净水细菌的生态相能成功的建立。
水族市场出售的活性人造硝化细菌为一种雾状溶液，含有高浓度活生生的硝化菌。在显微镜下观察，每一滴溶液中所含的活菌数目多得难以计数。硝化菌加入水族箱后，只要水质中的氨的浓度足够，它们就可在砂床以及过滤系统中生长繁衍，并发挥它们净化水质的生物功能，先将高毒性的氨氧化为低毒性的亚硝酸盐，又将亚硝酸盐再次氧化为更低毒性的硝酸盐。硝酸盐为水草的最佳氮肥，可作为水草的营养源。如此一来，水族生物便可以生活在一个无氨污染的环境中，水草也因获得这些氮肥而能顺利生长。硝化菌是一种好氧性细菌，必需在有氧气的状态下才能生存，如果将它们密封于瓶中储藏，它们是不可能长久生存的。此外，储藏瓶中的食物（有机氮化合物）有限，因此也不能长久供应它们生存上的需求。一般情况下，硝化菌仅仅只能够在瓶中储藏3个月左右就会相继死亡，所以在购买的时候要特别注意产品的有效性是否过期。另外，在使用前摇晃均匀，并注意不要与消毒性药剂或抗生素一起使用，使用后冷藏可延长有效使用期。 水族市场出售的光合细菌为一种雾状溶液，含有高浓缩的光合成红菌的休眠孢子。光合细菌能够在遇到污染物质的时候，重新被活化并恢复生长和繁衍。
这种微生物群一旦在水中活跃起来之后，可以将水族箱水质中的氨、硫化氢、亚硝酸盐以及各种有害的有机氮化物完全消除，再转化为水生植物的养份，促进水生植物顺利成长，对水质的净化有莫大的功能。光合细菌是一种厌氧性细菌，无毒性，也不会消耗溶解于水质中养份，但需要借助光照分裂生长，只要有微弱的光线，它们就能够生长繁衍。光合细菌所分泌的酵素能够分解水族生态循环中所产生的污染物，具有净化水质的功能，因此被称为底砂层中的清道夫。一般情况下，瓶装的光合细菌自生产日起有效储藏期为一年。在新水时期添加的效果并不显著，因为光合细菌只能生存于污水中，所以只有水质中的污染源达到一定浓度的时候，它们才会被活化，在海水中使用时添加剂量加倍。在使用前摇晃均匀，并注意不要与剧烈性杀虫类药剂一起使用，使用后冷藏可延长有效使用期。同时需要注意：硝化细菌和光合细菌并不适合同时在同一水族箱中使用，详细请参照使用水质处理细菌时应该注意的问题一文。硝化细菌，俗称：A菌、硝化菌。适用于各种海、淡水的水质处理辅助。水族箱中如果没有硝化细菌的存在，必然会面临氨含量的激增的危险，不论您采用何种方法或任何水族用品用品都不能彻底解决这个问题。
当水中的氨浓度达到水族生物致命浓度时，对于任何一种水族生物而言，结果可能都是一样的--那就是死亡，这时您一定会心疚不已。但如果水中含有足够数量的硝化细菌为您不断地解除水中的氨，则整个水族生态平衡系统的稳定性将获得确保，并使水族生物安全地生活于水族箱中。硝化细菌是一种好氧细菌，能在有氧气的水中或砂砾中生长，并在氮循环水质净化过程中扮演着重要的角色。
它们包括形态互异类型的一种杆菌、球菌以及螺旋型细菌，属于绝对自营性微生物的一类，包括两个完全不同代谢群：
1.亚硝酸菌属（Nitrosomonas）：在水中生态系统中将氨消除（经氧化作用）并生成亚硝酸的细菌类；亚硝酸菌属细菌，一般被称为“氨的氧化者”，因其所维生的食物来源是氨，氨和氧化合所生成的化学能足以使其生存。
2.硝酸菌属（Nitrobacter）：可将亚硝酸分子氧化再转化为硝酸分子的细菌类。硝酸菌属细菌，一般被称为“亚硝酸的氧化者”，因其所维生的食物来源是亚硝酸（但也不一定是亚硝酸，其他有机物亦有可能），它和氧化合可产生硝酸，所生成的化学能足以使其生存。因这些硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚硝酸）加以分解去除，故有净化水质的功能。不过需要注意：硝化细菌在水质pH中性、弱碱性的环境下发挥效果最佳，在酸性水质中发挥效果最差。光合细菌，俗称：B菌、光合成红菌。适用于各种海水的水质处理辅助。
光合细菌是一种水中微生物，因具有光合色素，包括细菌叶绿素和类胡萝卜素等，而呈现淡粉红色，光合细菌能在厌氧和光照的条件下，利用化合物中的氢并进行不产生氧的光合作用。光合细菌可以在某种污染环境下生存，并担负着重要的净化水质的角色。但只有在生存生存环境和污染物质符合其生理、生态特性时，才会发挥其作用，否则很难获得预期。
例如在无光或者有氧环境下，光合细菌就很难发挥效果。在水族箱中由于高密度养殖，投饵不当造成的饵料过剩堆积、水族生物的排泄物等等，往往会造成底砂床有机物堆积过多，而使底砂床受到严重的污染。经底砂床上的微生物将有机质分解，会释放出一些对水族生物有毒的物质，例如：氨、亚硝酸及硫化氢等等。当这些分解产物的浓度增加时，就会导致水族生物中毒死亡。
水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。目前，水族市场出售的光合细菌，主要是光能异营型红螺菌科（Rhodospirilaceae），特别是其中的红假单细胞属（Rhodopseudomonas）的种类。这种光合细菌在不同的环境条件下，能以不同的代谢方式，有效地净化水质。需要注意：光合细菌在水质pH8.2-8.6的环境下发挥效果最佳，因而比较适合在海水水族箱中使用。同时需要注意：硝化细菌和光合细菌并不适合同时在同一水族箱中使用
