在自然界里，水草原生的原生地「河川或湖泊」，时时都有新的水流入，水草利用水中含有的 CO2，及从太阳光的能量来行光合作用；根从土壤中吸收由微生物分解的有机物，另外叶子从水中吸收营养素，如此可有效抑制河川及湖泊的营养化。还有自然界中有无数的原生动物和微生物存在，可将有机物、浮游物有效分解，而净化了水质，如前所述，自然界本身就有一个平衡的生态系，具备水质净化的系统。过滤的条件
但是在水族箱来说，是一个完全封闭的世界，不具备自然界良好的条件，因此在之中种植水草，非得人为添加CO2设置，多的灯光及完整的过滤设备不可。在此之中过滤装置於有限的水量，扮演一个维持平稳生态系重要角色。
如果鱼缸中的鱼及草的数量少时，其实使用何种过滤效果都差不多，但一般水草缸都希望有密植的水草，尤其是较矮的水草更需要有充足的光量，因此必须有充分置放灯具的空间，另外水草也需要充足CO2，故溶入水中的CO2要尽量避免逸散，根据以上的需求来定出过滤器所需的条件:
1.有充分放置照明设备的空间。
2. CO2不易逸散。
3.维持长期的高过滤能力。
过滤的种类及优缺点从以上所需条件来看，何种为适用的种类？请参考以下说明：
上部过滤：因设置於鱼缸上部，照明设备所能放置的空间减少(特别是萤光灯具)，如果水草密植要考虑到光量不足的现象，在过滤器的构造上，水通过过滤槽时会与空气接触，如此CO2也会随之逸散到空气中。
优点：
1.因为是装置在鱼缸上部，故在清洁保养上非常方便。
2.在构造上容易将CO2逸散，对於养鱼来说非常适合。
缺点：
1.在构造上CO2与空气接触面积大，易逸散掉。
2.在照明设备的放置空间会受限，不适合水草的培育。
底部过滤：底床内会产生水流，使水中与底床几乎无温度差，另外又能补充底床氧气，对於水草而言，理论上是很适合，但是水的净化是利用底砂作为过滤器，水必须通过砂的间隙，而水草的根也是利用砂的间隙成长，如果水草长的非常茂密时根的丛生也是必然，因而砂粒间水的通路变少，过滤的效果会随之降低，故用於希望长期维持的水景是不适用的
优点：
1.底床内会产生水流，底床与水中的温度差变小。
2.可供应底床微生物较多的氧气，有益微生物繁衍。
缺点：
1.底床面水草生长茂盛时，草根易将砂隙阻塞，故不易长期维持水质稳定。
2.底肥易流失，在水草缸不适合使用。
内部过滤
因设置於鱼缸内部，因此过滤槽不会太大，过滤能力会受限，还有在观瞻上也有影响。
优点：
1.有充分放置照明设备的空间。
2. CO2不易逸散
3.底床也没问题，又有水流，符合种植水草的条件。
缺点：
1.设置於鱼缸内部，水草栽种空间受限。
2.会影响到整体的美观。
外部过滤 有以下的三个优点：
1.可於鱼缸上部充分设置照明设备。
2.水草生长所需CO2不易逸散。
3.过滤槽的能力较强。
缺点：
水温易受外面气温影响 。 以上三个优点刚好符合上述水草需要条件，故水草缸以密闭式外部过滤为最适合。
滤材的介绍使用密闭式外部过滤，在过滤桶内会有许多滤材，滤材本身大约具备「物理过滤」、「化学过滤」、「生物过滤」三种功能。
物理过滤: 主要是使用网状物，及羊毛，将水中较大的杂物除去。
化学过滤: 利用活性碳吸附，除去导致水混浊的有机物及鱼的排泄物。
生物过滤：利用在滤材表面所繁衍的微生物，或原生动物的活动来过滤，培养有益微生物正常生长，需要花一些时间，同时也要有适当的环境，过滤效果的好坏，几乎都取决於生物过滤的能力。要发挥最大的过滤功能，就必须将上述三种功能作最佳组合。
过滤系统的建立如前述，要能够使过滤效果，其生物过滤是最重要的，但是在应用生物过滤时，有哪一些是必须注意的呢？首先是在水草缸设立初期，会有较多的问题，水草缸设立初期，水上叶的枯叶，造成水中会有阿摩尼亚及垃圾的产生，水质呈现较脏的状态，加上设立初期在滤材内层，并未生成微生物，仅能*物理过滤及化学过滤，依赖吸附作用净化水质是有限的，一两周後吸附的能力就会消失，因此在此段期间换水要较频繁(状况不佳者每日约换三分之一)，以人为的水净化来弥补，另外为促成微生物的长成，夜间加以打空气，补给水草缸及过滤槽氧气，待微生物在滤材内层表面生成後，生物过滤的机能才算开始，拥有生物过滤正常机能的水草缸，对於藻类、病原菌有相当的抵抗力，故水草可顺利生长。
过滤系统的清洗过滤槽经过一段时间，滤材会有一些较细的污物造成阻塞，而使得过滤槽内的通水性变差，水的流量减少，此时，因为无法供应充足的氧气，微生物的活动力降低，过滤的功用也大打折扣。
因此定期洗净过滤槽是必要的，发现过滤水流变弱时，便施行清理是较好的，但是在清洗时，要特别注意不可破坏生物系统(避免杀死繁殖良好的微生物)，在清洗过滤槽时，将滤材取出後，如使用自来水(其中含有氯等杀菌物)、冰水或热水洗净，会将滤材中有益微生物杀死，因此在清洗时必须使用原缸中之水，轻轻冲洗，去掉滤材间隙的污物，但必须避免洗掉微生物，而破坏了好不容易建立起来的生物过滤系统。
通常水草缸的成败，可说在於设缸後一个月，此根据再三强调的生物过滤系统，建立的时间约一个月，此段期间的维护及之後水质的管理，会决定水草生长好坏与否。
过滤的流量现在市面上有很多种类的过滤器，但过滤效果的好坏，不在於价格的高低，而是在於是否选择了适当的过滤器，有效利用眼睛所未能见的有益微生物，进行水质净化，并维持水草缸的健康生态。
如何选择适当的过滤器呢？
1.先检视水缸内的养殖状况，来决定水流循环的次数。
a.纯水草缸，未饲养鱼只----每小时水循环两次。
b.水草缸中饲养小型鱼只----每小时水循环三次。
c.水草密植，鱼只密集-------每小时水循环四~五次。依实际养鱼的密度（鱼只大小之拉粪量）。
2.配合水草缸的大小，来决定过滤器的流量。如水草缸中饲养灯科鱼，水缸大小为100公升，则每小时需有300公升的滤水量。
3.在计算流量时，请注意当过滤器启动过滤一段时间後，会有污物阻塞滤材，减低水的流量，因此除要定期清洗滤材外，在计算流量时，要乘以一点二倍，较为合适。因此以上述之100公升水草缸中，饲养灯科鱼，需要每小时300公升×1.2倍＝每小时360公升的过滤的流量。
