七彩神仙鱼的遗传基因，自从人类出现饲养动物的历史以来，就不断试着要改良繁殖后代的特质。人类在生产动物的时候，只会挑选出具有符合某一些特质的个体来繁殖。然而遗憾的是，繁殖出来的后代并非总是符合双亲的特性或者出现我们所期望的特质。造成这种状况的原因相当多。学习而来的行为方式就不能够遗传了。复杂的特质，例如智能，就不是从双亲的智能遗传而来的。就有一些不懂得遗传的人会对自己的孩子疑神疑鬼的也会对这个世界产生怀疑。 遗传本质是「储存」在染色体里面。所谓染色体是指细胞核内极为微小的丝状或者棒状的构造。每一个体细胞都含有双套的染色体，其中的一套是来自父亲而另外一套是来自母亲的。只有在生殖细胞，也就是卵细胞和精细胞才拥有单套的染色体。精细胞和卵细胞的形成牵涉到了所谓的递减分裂。递减分裂的意思就是指双套的染色体，不管是来自父亲或者母亲的，以随便分配的方式分离成两个部份。当细胞分裂了以后，每一个新生成的生殖细胞内就只含有单套的染色体。在正常的情况下这两组单套的染色体会分成一套来自父亲的染色体和另外一套来自母亲的染色体。唯有当父母亲双方的遗传特质都相同的时候，孩子们的表现型才会和双亲的一模一样。所谓七彩神仙「纯系」繁殖指的就是这个。 我们若要获得一个七彩神仙的纯系，就必须透过七彩神仙兄弟姊妹之间来繁殖许多代。在经过了 20代的近亲繁殖以后，我们才得以称为一个「纯系」。可惜的是我们必须为近亲繁殖付出代价的。往往会产生较大数量残废七彩神仙、七彩神仙会失去了原有的本能行为，而且只能在最完美的情况下或者特殊的诡计下才能进行繁殖。一旦七彩神仙与同种的七彩神仙或和原有繁殖的动物毫无亲戚关系或者是远亲的关系相互杂交，这些不正常的行为就会立刻消失。为了尽快达到纯系的目的，七彩神仙子代与双亲之间相互杂交的作法就很常见。可是这种所谓反交的作法仍旧会导致畸形。不过对于七彩神仙而言反交是有可能且有意义的。 自从葛瑞格、孟德尔（Gregor Mendel）（生于 1822 年，卒于 1884 年）建立了遗传学说的特定法则以后，人类就更能够掌握纯系杂交的进行，了解了后代会出现多少的特定比例，而且也比较不会发生近亲繁殖的缺点。这尤其是在只有少数的个体可以运用，而我们又想要做出纯系的时候，况且想要与其它远亲配对又不可能的情况下，遗传学的掌握格外的重要。假设我们手边有一只漂亮的七彩神仙色系是 AA，以及另外一只正常的七彩神仙色系是 BB。我们现在将两只七彩神仙加以配对，那么所有的子代七彩神仙都会出现 AB 的特质，也就是色彩介于双亲之间。我们将子代继续繁殖下去，子代的生殖细胞的遗传特质就会出现 A 和 B 两种，并且会自由的组合。自由组合的意思是：来自父亲的 A 基因或是与来自母亲的 A 或是与 B 基因组合，那么孙代的基因型将会出现 AA 或者 AB。同样的，来自父亲的 B 基因或是与来自母亲的 A 或是与 B 基因组合，那么孙代的基因型将会出现 AB 或者 BB。以纯粹统计来看，我们将获得 50% 色彩为 AB 的七彩神仙，以及各 25% 色彩为 AA 或者 BB 的七彩神仙（这两种与祖父母完全一样）。不过假如我们将子代具有 AB 特质的七彩神仙与双亲中拥有 AA 特质的七彩神仙相杂交，我们就会得到各 50% 的 AA 与 BB。可是这一项法则只有在 A 与 B 两项遗传特质都有相同的表现度的时候才适用。通常遇到的是一项遗传特质为显性的，这就是说当这一项遗传基因存在的时候，七彩神仙就会表现较偏向这一个特质的外观。很可惜的是，在水族界中我们所期望的特质通常不是显性的，而相反的是隐性的。从生物学的观点来看这也是有意义的：一只七彩神仙的色彩如果耀眼夺目而且鱼鳍拉得特别长，在大自然中就很容易引起天敌的注意，或者在游泳的时候会受到阻碍。虽然七彩神仙繁殖家所期望的特质是占劣势的，但是当然有可能再度加以纯化繁殖。可是我们必须把绝大多数非常的严重畸形加以考虑进去。所以七彩神仙的不同品系之间的彼此杂交就变得无法避免了。 假如我们把具有我们所期望的特质（隐性的）七彩神仙亲鱼标示为 aa，而拥有正常（显性的）外观特质的七彩神仙亲鱼标示为 AA，那么产下来的子代七彩神仙都将是混合体 aA，不过外观特征都是正常的。我们将子代继续相互杂交，遗传特质便会彼此分离而且自由组合。我们将得到 25% 的混合体后代 aA，以及各占 25% 的纯遗传体 aa 和 AA。如此一来有一半的七彩神仙与祖父母类似，而有 25% 的七彩神仙出现了我们所期望的特质 aa。可是还有 75% 的七彩神仙看起来是正常的型式，因为那 50% 混合基因的七彩神仙与纯基因 AA 的七彩神仙看起来一模一样。七彩神仙会繁殖出什么样的后代来，唯有更进一步的繁殖才能之道了！如果我们将两只纯基因的七彩神仙加以杂交，就会出现完全相同的后代。但是假使我们将一只混合基因 aA 与一只纯隐性基因 aa 的七彩神仙相杂交，我们所得到的后代就有 50% 的 aA 和 50% 的 aa，这就和第一子代与携带隐性基因亲鱼反交的结果一样。 令人遗憾的是，我们所期望的特质往往都不是只由一个基因就能够决定的。举例来说，我们希望有一只色彩漂亮且鱼鳍很长（这两种特质都是隐性的）的七彩神仙，并且利用显性的七彩神仙配偶来做杂交，那么七彩神仙要在 16 代子孙中的其中一代才会出现这两种特质，而且其先决条件是：都是子孙间的彼此近亲杂交。十六代子孙中的其中一代，这个意思是：我们必须繁殖出非常大量的子孙，才能从其中挑出几只我们所期望的典型七彩神仙。如果七彩神仙真的要这么做的话，需要耗费相当的时间才能出现这样的色彩，而繁殖所需的花费也非常的昂贵。我们想要达成目标成功的话，通盘的考量起来需要好几年的时间。可能的话还需要「碰运气」，这在每一个七彩神仙繁殖家身上都有可能发生。这需要许多未知数的组合才行。在此很重要的是，我们要尽早认出「优秀」的七彩神仙个体、将牠养得健健康康的、替牠找一位合适的配偶来交配，而且七彩神仙偶尔还要做反交，才能增强我们所期望的特质。 在七彩神仙的身上虽然色彩的特质是可以遗传的，可是必要的时候并非是颜色本身的遗传。这是因为水族箱中的环境因素、水质和饵料扮演着决定性的角色，并且这三者对七彩神仙色彩所造成的影响远大于我们所想象的。除此以外，也有专家们提出过警告，不要繁殖人工扬过色的七彩神仙。这一些七彩神仙的色彩并无法遗传给下一代，而且在做七彩神仙反交尝试的时候，往往会得到失败的结果。