基本上鼠鱼是体健易饲，但是疾病的发生却常令人头痛不已，常见的疾病与状况不外乎下列数种：
1.水霉感染
由于野生的鼠鱼在产地大多是以鱼网捞捕，所以它们的背鳍与胸鳍很容易因为勾到鱼网而受伤，这时候就很容易被水生菌入侵而感染水霉，这种情况只要投入治水霉的药物即可，但是要想缩短疗程，最好还是先将感染部位的棉絮状除去。
2.细菌性感染
这是引起鼠鱼大量迅速暴毙的祸首之一，其感染发作症状会出现红斑，通常发生的原因除了外来感染源之外，水质恶化或pH值大幅变化也是常见的肇因；处置方式只有平时保持水质良好之外，第一时间投入药物也能将损失降至最低。
3.鳍部触须溶解
通常是因为pH变化过大或外伤引起，保持中性水质是照顾鼠鱼必要的条件，因此在旧缸中的过滤器里加入珊瑚砂还有经常换水都是常见的作法。
4.眼睛凹陷体色变淡
可能的原因有：喂食不足、体内原生虫感染等；最佳的对策就是平时把它们养得壮壮的，让它们拥有良好的生理机制最为理想。
5.体表粘膜脱落
水温骤降及水质恶化或捞捕造成的紧张都会有这种情形出现，保持水质良好避免水温的过大变化还有捞捕时的动作轻缓，应该可以避免。